2007ലാണ് ടോമിൻ തച്ചങ്കരിക്കെതിരെ അനധികൃത സ്വത്ത് സമ്പാദനത്തിന് കേസ് രജിസ്റ്റർ ചെയ്തത്. 2003 മുതൽ 2007 വരെയുള്ള കാലയളവിൽ ഔദ്യോഗിക വരുമാനത്തിന് ആനുപാതികമല്ലാത്ത രീതിയിൽ സ്വത്ത് സമ്പാദിച്ചെന്നാണ് കേസ്. വരുമാനത്തേക്കാൾ ഏകദേശം 135 ശതമാനം അധിക സ്വത്ത് സമ്പാദിച്ചതായി വിജിലൻസ് കണ്ടെത്തിയിരുന്നു. സ്വത്തിന്റെ വരുമാനസ്രോതസ് തെളിയിക്കാൻ തച്ചങ്കരിക്ക് കഴിഞ്ഞില്ലെന്നും കേസുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ചെലവുകളുടെ രേഖകൾ വിജിലൻസിന് കണ്ടെത്താനായെന്നും റിപ്പോർട്ടിലുണ്ട്.

2013ലാണ് വിജിലൻസ് കേസിൽ കുറ്റപത്രം സമർപ്പിച്ചത്. കേസിൽ വിജിലൻസ് സമർപ്പിച്ച രേഖകളും തെളിവുകളും പരിഗണിച്ചാണ് കോടതി ടോമിൻ തച്ചങ്കരിയെ കുറ്റക്കാരനെന്ന് കണ്ടെത്തിയത്. വിധിക്ക് പിന്നാലെ എന്തെങ്കിലും പറയാനുണ്ടോ എന്ന് കോടതി ചോദിച്ചപ്പോൾ തച്ചങ്കരി ആരോഗ്യപ്രശ്നങ്ങൾ ചൂണ്ടിക്കാട്ടി. രണ്ട് ദിവസം മുൻപ് നെഞ്ചുവേദന അനുഭവപ്പെട്ടെന്നും ശാരീരികമായി സുഖമില്ലെന്നും അദ്ദേഹം കോടതിയെ അറിയിച്ചു. എന്നാൽ പരമാവധി ശിക്ഷ നൽകണമെന്നായിരുന്നു പ്രോസിക്യൂഷന്റെ വാദം.

സംസ്ഥാന പൊലീസിൽ ഉന്നത പദവി വഹിച്ചിരുന്ന വ്യക്തിയായതിനാൽ ശിക്ഷയിൽ ഇളവ് നൽകാനാകില്ലെന്ന് കോടതി വ്യക്തമാക്കി. ശിക്ഷ അനുഭവിക്കുന്നതിനായി ടോമിൻ തച്ചങ്കരിയെ തിരുവനന്തപുരം സെൻട്രൽ ജയിലിലേക്ക് മാറ്റും.